ภูมิภาคเอเซียตะวันออกเฉียงใต้มีวัฒนธรรมและระบบนิเวศที่หลากหลายและอุดมสมบูรณ์ที่สุดภูมิภาคหนึ่งในโลก อย่างไรก็ดี จำนวนประชากรที่เพิ่มมากขึ้น ความเจริญก้าวหน้าอย่างรวดเร็ว การเปลี่ยนแปลงภูมิอากาศ ความเสื่อมโทรมของสิ่งแวดล้อมและวิกฤตทางสุขอนามัยเป็นภัยคุกคามต่อเสถียรภาพทางการเมือง สังคมและเศรษฐกิจของภูมิภาค
ทางออกของปัญหาข้ามพรมแดนเป็นสิ่งจำเป็นในการแก้ปัญหาสิ่งแวดล้อมและสุขอนามัยของภูมิภาคและของโลก สำนักงานสิ่งแวดล้อมระดับภูมิภาคเอเซียตะวันออกเฉียงใต้พยายามแก้ปัญหาเหล่านี้ด้วยการร่วมมือกับรัฐบาลประเทศต่างๆ และองค์กรเอกชนเพื่อสร้างความตระหนักถึงปัญหา แลกเปลี่ยนความรู้และขยายความร่วมมือในภูมิภาค
นอกจากนี้ สำนักงานฯ ยังให้ข้อมูลล่าสุดเกี่ยวกับสิ่งแวดล้อม วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและสุขอนามัยในภูมิภาคเอเซียตะวันออกเฉียงใต้แก่สำนักงานกิจการมหาสมุทร สิ่งแวดล้อมระหว่างประเทศและวิทยาศาสตร์ กระทรวงการต่างประเทศ และประสานงานอย่างใกล้ชิดกับหน่วยงานรัฐบาลอื่นๆ ของสหรัฐฯ ความรับผิดชอบของสำนักงานฯ ครอบคลุมพื้นที่ในสิบประเทศอาเซียน (บรูไน กัมพูชา อินโดนีเซีย ลาว มาเลเซีย พม่า ฟิลิปปินส์ สิงคโปร์ ไทย เวียดนาม) และติมอร์ตะวันออก
